Der Anime Black Blood Brothers handelt von den zwei Vampirbrüdern Jirou und Kotarou Mochizuki. Sie sind auf dem Weg zu der Special Zone, einem Ort an dem die Vampire (Black Blood) und Menschen (Red Blood) friedlich zusammen leben. Kotarou ist noch recht jung und oft unbesonnen, deshalb hat Jirou alle Hände voll damit zu tun auf ihn aufzupassen.

Das Schiff auf dem sie reisen, wird von der Vampirhunter-Elitetruppe, dem Company Supressions Team angegriffen, da sich auf ihm auch einige Vampirrebellen aufhalten. Unter ihnen soll sich auch ein Kowloon Child befinden. Diese werden gnadenlos von der Company gejagt, denn sie sind eine sehr ansteckende Vampirart. Normalerweise können Menschen nur dann in Vampire verwandelt werden, wenn sie gebissen werden und das Blut eines Vampires trinken. Bei einem Kowloon Child reicht es aus, wenn sie nur das Blut ihres Opfers trinken. Auch Vampire fürchten sie, denn ihr Biss kann jeden, egal ob Mensch oder Vampir ihre Kontrolle aufzwingen. Aus diesem Grund ist die Gefahr, dass die Kowloon Child-Blutlinie die Menschheit ausrotten könnte sehr groß. Sie zu bekämpfen und zu töten ist jedoch nicht besonders einfach, denn nicht alle Vampire sind gegen Sonnenlicht anfällig, sondern können im Tageslicht umherwandern. Silber allerdings ist tödlich für alle Vampire und sie können durch Knoblauch und Kreuze in Schach gehalten werden.

Jirou und Kotaru können dem Angriff auf dem Schiff entgehen und treffen auf eine Comprimizerin der Company. Mimiko Katsuragi hat die Aufgabe im Namen der Company Vampiren bei der Eingliederung in der Special Zone zu helfen und dafür zu sorgen, dass sie sich friedlich verhalten. Als sie erneut auf die Rebellengruppe treffen, dauert es nicht lange bis das Supressions Team der Company sie wieder aufgespürt hat. Doch Jirou scheint, obwohl er weit größere Kräfte als ein gewöhnlicher Vampir, hat nicht zu den Bösen zu gehören und Mimiko stellt fest, dass auch die Mitglieder der Rebellengruppe eigentlich keine bösen Absichten haben. Auf einmal ist Kotaru verschwunden, und die Rebellen werden vor dem Supressions Team durch eine Fähigkeit gerettet, die normalerweise nur ein Kowloon Child haben kann. Wer ist der Verräter in den Reihen der Rebellen und schwebt Kotaru in Gefahr? Jirou bietet dem Surpressions Team der Company seine Hilfe im Kampf gegen das Kowloon Child an, denn er hat schon vor zehn Jahren auf der Seite der Menschen in Hong Kong als Vampirkiller namens Silver Blade gekämpft. Das ist der Grund, warum er nicht nur Freunde unter den Vampiren hat, doch auch den Menschen und der Company kann er nicht vorbehaltlos trauen. Kann er seinen Bruder mit der Hilfe von Mimiko retten und was für Gefahren erwarten sie noch in der Special Zone?