Die Menschheit hat es geschafft: Durch den, per Umweltverschmutzung verstärkten Treibhauseffekt, ist das Eis an den Polarkappen geschmolzen. Es gibt nur noch wenige Orte, wo Menschen leben können - und als ob das nicht schon schlimm genug wäre, schmiedet ein verrückter Professor, der durch Kreuzungen zwischen Mensch und Tier eine neue Rasse von Hybridwesen erschaffen hat, auf seiner Insel Pläne zur Vernichtung der Menschheit.
Die übrig gebliebenen Staaten wollen das natürlich nicht zulassen und schicken ihre verbliebenen Kriegsschiffe los, um den Professor und dessen Ungeheuer aufzuhalten. Eines der Schiffe ist die Blue 6, ein hochentwickeltes U-Boot, dessen Crew im Militär hohes Ansehen genießt.
Zwei Mitglieder dieser Crew sollen heimlich auf die Insel geschleust werden, um den Wahnsinn des Professors zu stoppen. Die junge U-Bootpilotin Mayumi Kino und der Kriegsveteran Tetsu Hayami machen sich wie befohlen auf den Weg, um das Unheil aufzuhalten, bevor alles zu spät ist. Werden sie es schaffen, oder wird die Menschheit untergehen?

Ein nachdenklicher Anime mit leichten Anklängen an Die Insel des Dr. Moreau, der überwiegend von seinen Dialogen und seinen Unterwasseraufnahmen lebt.