In einer weit entfernten Zukunft hat sich die Menschheit ihrer bisher größten Herausforderung gestellt und damit begonnen, mit neuer und aufwändiger Technik das All zu besiedeln. Eines Tages erscheint eine feindliche Rasse, die so genannten Victims, die damit begannen die menschlichen Kolonien anzugreifen und zu zerstören. Im Jahr 4088 steht die Menschheit schließlich fast vor der kompletten Vernichtung. Von mehreren hundert besiedelten Planeten sind nur noch wenige Kolonien und der Planet Zion als letzter Zufluchtsort der Menschheit übrig geblieben.
Doch auch Zion ist längst nicht mehr sicher, denn die Bedrohung durch die mysteriösen Victims ist allgegenwärtig. Eine kleine Gruppe junger Piloten mit besonderen Fähigkeiten stellt sich den Angreifern jedoch mutig entgegen. Helden, die auserwählt sind, die fünf Ingrids (alias "Göttinnen"), hochmoderne Kampfroboter, zu steuern und Zion vor dem Untergang zu bewahren.
Um diese besonderen Piloten auszubilden wurde die GAO (Goddess Operator Academy) gegründet. Einer davon ist Zero Enna, der unbedingt die weiße Göttin steuern möchte. Natürlich bekommt er dabei noch ein paar Konkurrenten, die dasselbe Ziel verfolgen wie er. So beginnt der harte und steinige Weg für Zero...
Wird er es schaffen ein Pilot zu werden? Was passiert mit Zion? Wer sind diese Victims?