Der High School Schüler Kimihiro Watanuki hat ein nicht alltägliches Problem. Er wirkt extrem anziehend auf Yōkai, die ihn deshalb auf Schritt und Tritt verfolgen und ihm allerlei Schwierigkeiten bereiten, unter anderem auch weil sie für andere Menschen unsichtbar sind und sein Verhalten deshalb auf sie entsprechend seltsam wirkt. Eines Tages stolpert er vermeintlich zufällig in das Geschäft einer mysteriösen Frau namens Yuuko Ichihara, die sich ihm als Hexe vorstellt, die gegen entsprechende Gegenleistung Wünsche erfüllt. Für die Befreiung von seinem Yōkai-Problem verlangt sie von Watanuki, dass er für sie arbeitet, was für ihn den Eintritt in die Welt des Übernatürlichen bedeutet, deren Phänomene und Besonderheiten er durch Yūkos Kunden immer näher kennen lernt.