Die Zeitdiebin Petrafina hat von Dark Lord den Auftrag, in der Zeitlinie herumzureisen und sämtliche Zeitengel einzufangen, um diese für seine finsteren Zwecke zu missbrauchen. Ihre erste Reise führt Petrafina in die Steinzeit. Dort trifft sie auf Flint Hammerhead und seinen Vater, die Petrafina am Einfangen der Zeitengel zu hindern versuchen. Dabei bleibt keine andere Möglichkeit, als Flint und seinen Vater zu fossilisieren, was bedeutet, dass beide in eiförmige Steine verwandelt werden.

Eines Tages stoßen die beiden Kinder Tony und Sara bei Ausgrabungen auf den fossilisierten Flint und seinen Vater. Sie bringen die Versteinerungen zu ihrem Onkel Doktor Goodman. Der schafft es, die Fossilien wieder in ihre menschliche Gestalt zurückzuverwandeln, wobei ihm ein kleines Missgeschick mit Flints Vater unterläuft: Die Maschine verwandelt ihn in einen sprechenden Granitblock. Doch Doktor Goodman nutzt dieses kleine Missgeschick und macht aus dem Granitblock einen handlichen Hammer.

Die Bösen sind weiterhin hinter den Zeitengeln her und Flint wird aufgrund seiner übernatürlichen Stärke und seines guten Wesens Zeitdetektiv. Gemeinsam mit seinem Vater, Tony und Sara verfolgt er Petrafina, um sie aufzuhalten.